1958年10月，为了适应国家屯垦戍边事业和开发塔里木垦区对各类人才的需要，在时任农垦部部长王震将军的倡导和关怀下创办。学校是国务院学位委员会批准的首批具有学士学位授予权的本科院校，2003年获硕士学位授予权，2004年5月经教育部批准更名为塔里木大学，2007年在教育部本科教学水平评估中被评为“优秀”，2017年成为“教育部创新创业示范高校”，2018年获博士学位授予权，2019年进入教育部第二批“三全育人”综合改革试点高校。原为农业部直属高校，现隶属新疆生产建设兵团。
学校现已发展成为一所以农为优势，以生命科学为特色，农、理、工、文、管、法、经、教育、艺术、历史等多学科协调发展的综合性大学。校园占地面积2613亩，校舍建筑面积63万平方米。面向全国招生，现有全日制学生15000余人，其中少数民族学生占27%。有11个学院（植物科学学院、动物科学学院、生命科学学院、水利与建筑工程学院、机械电气化工程学院、信息工程学院、经济与管理学院、人文学院、历史与哲学学院、继续教育学院、职业技术学院），58个本科专业。4个自治区重点学科（生物学、园艺学、作物学、兽医学），1个一级学科博士学位点（生物学），8个一级学科硕士学位点（作物学、园艺学、生物学、农业工程、畜牧学、马克思主义理论、化学工程与技术、农林经济管理），5个专业学位硕士点（农业、兽医、新闻与传播、教育、工程），2个国家级教学示范中心/基地（国家级动物医学实验教学示范中心、国家生物学理科基地—塔里木大学合作基地），2个省部级实验教学示范中心（动物医学实验教学示范中心、园艺学实验教学示范中心），2个省级大众创业万众创新基地（兵团级大众创业万众创新示范基地、兵团大学生工科创新实验室），2个国家级科研平台（塔里木盆地生物资源保护利用兵团重点实验室--省部共建国家重点实验室培育基地、南疆特色果树高效优质栽培与深加工技术国家地方联合工程实验室），6个省级重点实验室和人文社科基地（兵团塔里木畜牧科技重点实验室、南疆特色农产品深加工兵团重点实验室、塔里木盆地生态系统保护与生物资源利用国际合作基地、现代农业工程重点实验室、非传统安全与边疆民族发展研究院、西域文化研究院），3个省级（工程）实验室（南疆特色果树生产工程实验室、新疆兵团南疆化工资源利用工程实验室、新疆兵团塔里木动物疫病诊断与防控工程实验室），3个农业部试验站（农业部西北区域农业微生物资源利用科学观测试验站、农业部阿拉尔作物有害生物科学观测试验站、农业部农产品质量安全风险评估试验站）。
毕业生中85％扎根新疆，68.5％植根南疆，52%内地生源留疆工作。他们为新疆特别是南疆经济发展、社会进步、民族团结、维稳戍边等作出了突出贡献。用人单位普遍评价塔大毕业生具有政治可靠、吃苦耐劳、实践能力强的优良品质，在“稳疆兴疆、富民固边”中发挥了不可替代的作用。
2010年教育部启动团队式对口支援工作，中国农业大学、浙江大学、华中农业大学、北京化工大学、东华大学团队式对口支援学校取得显著实效，与西北农林科技大学、东北农业大学、兰州大学、武汉大学、南京农业大学等高校建立了紧密的合作关系，与中国农科院“十一所一院”建立了全方位实质性合作关系。与20余所国（境）外高校建立了交流合作关系。与新疆各地州、县和兵团各师、农牧团场紧密联系，走产、学、研相结合的道路，积极开展科技服务扶贫，“百名科技特派员、千名学生下基层”团队和20多个科技服务专家团队常年活跃在南疆基层，为农牧民脱贫增收发挥了特殊作用。每年组织“万名学生三下乡”社会实践活动。长期为南疆中小学教师和基层干部开展双语培训。
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